Predsedu úradu, ktorý zodpovedá za činnosť úradu, volí a odvoláva Národná rada SR spomedzi kandidátov navrhnutých vládou. Tá môže parlamentu navrhnúť kandidátov na predsedu úradu len po ich verejnom vypočutí a po ich hodnotení komisiou. Komisia bola vytvorená 15. marca 2019. Od svojho vzniku schválila rokovací poriadok a zásady hodnotenia záujemcov o kandidatúru na predsedu úradu.
Národná rada v júni 2019 nezvolila predsedníčku úradu z dvoch navrhnutých kandidátok, a preto komisia v júli vyhlásila novú výzvu. Verejné vypočutie prihlásených záujemcov sa uskutočnilo v októbri. Ako kandidátov na predsedu Úradu na ochranu oznamovateľov protispoločenskej činnosti schválili Zuzanu Dlugošovú, ktorá získala 442 bodov a Martina Rajňáka, ten získal 400 bodov z 500.
Zuzana Dlugošová vníma Úrad na ochranu oznamovateľov protispoločenskej činnosti ako príležitosť posunúť boj proti korupcii na Slovensku do inej roviny a byť nápomocný pri vyšetrovaní trestných činov práve prostredníctvom autority predsedu tohto úradu. „Aby bol tento úrad jasným hlasom a napomáhal efektívnej komunikácii medzi oznamovateľmi protispoločenskej činnosti, prokuratúrou a políciou,“ povedala pred členmi výboru Dlugošová.
Martin Rajňák zdôraznil, že tento úrad môže napomôcť k ochrane ľudí. Tí ju budú potrebovať napríklad pred svojimi zamestnávateľmi, ktorým sa vzopreli.