Sousa začal svoju trénerskú kariéru v Queen’s Park Rangers. V sezóne 2009/2010 bol koučom Swansea City, neskôr pôsobil v Leicesteri City. Jeho kroky ďalej smerovali do Videotonu a jednu sezónu strávil v Maccabi Tel Aviv. S Bazilejom sa mu podarilo v uplynulej sezóne postúpiť do osemfinále Ligy majstrov na úkor Liverpoolu.