Náklady asi 2,9 milióna eur hradia spoločne Rímskokatolícka, Grécko-pravoslávna a Arménska apoštolská cirkev, ktoré majú hlavnú správu kostola. Kostol využívajú aj tri ďalšie cirkvi – Koptská, Sýrsko-pravoslávna a Etiópska pravoslávna cirkev. Protestanti tam zastúpení nie sú. Oni majú v starom meste vlastný kostol na Via Dolorosa – Kostol Spasiteľa.
Odborníci sa dlhý čas sporili o tom, či Ježiš bol skutočne pochovaný na mieste dnešného Kostola sv. hrobu, alebo v tzv. záhradnom hrobe severne od Damaškovej brány mimo starého mesta.
Medzitým sú už poukazy na to, že Kostol sv. hrobu je miestom ukrižovania a pochovania Ježiša. Podľa svedectiev rôznych spisovateľov neskorej antiky nechal cisár Konštantín (okolo r. 280–337) postaviť kostol v r. 326. Komplex s Ježišovým hrobom a s neďalekým vŕškom ukrižovania Golgotou, pozostával z rotundy okolo hrobu, vstupného portálu a baziliky.
Za dnešnú formu vďačí Kostol sv. hrobu v podstate križiakom, ktorí po ovládnutí Jeruzalema v r. 1099 dali postaviť súvisiacu stavbu kupoly nad vtedajším kostolom.