Eduard Kukan vyštudoval rovnako ako Maroš Šefčovič Moskovský štátny inštitút medzinárodných vzťahov a obaja boli členmi KSČ. Ústav pamäti národa eviduje Eduarda Kukana ako dôverníka ŠTB s krycím menom Skopec. Kukan bol zamestnancom Ministerstva zahraničných vecí v Prahe, kde pôsobil vo viacerých funkciách až do roku 1990. Po vzniku samostatného Slovenska pôsobil ako veľvyslanec – stály predstaviteľ Slovenska pri OSN v New Yorku. V oboch Dzurindových vládach vykonával funkciu ministra zahraničných vecí.

Na Kukana a ďalších členov vlády, ktorí bez súhlas národnej rady povolili prelety amerických lietadiel na Juhosláviu, podal trestné oznámenie ďalší kandidát na prezidenta Štefan Harabin.

Urobil tak na Generálnej prokuratúre dňa 8.11.2017, kde podal trestné oznámenie za pomoc na hromadnom vraždení civilistov – bombardovanie v Juhoslávii – povolenie preletov tzv. tankovacích lietadiel cez územie SR. 

Z Trestného činu sú podozriví: Vláda SR v zložení Mikuláš Dzurinda – predseda vlády, Eduard Kukan, Brigita Schmögnerová, Gabriel Palacka, István Harna, Ivan Mikloš, Ladislav Pittner, László Miklós, Ľubomír Fogaš, Ľudovít Černák, Mária Machová, Milan Ftáčnik, Milan Kňažko, Pál Csáky, Pavol Hamžík, Pavol Kanis, Peter Magvaši a Tibor Šagát – ministri vlády, okrem Jána Čarnogurského a Pavla Koncoša ktorí za povolenie preletov nehlasovali.

V odôvodnení píše, že Ministerstvo zahraničných vecí Slovenskej republiky  22. marca 1999 dostalo nótu Spojených štátov amerických , ktorou sa  žiadal  súhlas  alebo  povolenie  preletov  tzv.  tankovacích  lietadiel  nad  územím Slovenskej republiky. Severoatlantická aliancia  sa 23. marca 1999 oficiálne obrátila listom (nótou) na vládu SR so žiadosťou o poskytnutie vzdušného  priestoru  na  výkon  vzdušnej  operácie  nad  teritóriom  Juhoslovanskej  zväzovej republiky.

Podľa vyjadrení najmä predsedu vlády Mikuláša Dzurindu a Eduarda Kukana (ministra MZV SR) vychádzala vláda z integračných ambícií SR o členstvo v NATO a z jednoznačnej politickej orientácie na NATO, ako aj zo snahy prispieť k zabráneniu humanitárnej katastrofe v juhoslovanskej oblasti Kosovo. Dôležitosť a citlivosť danej problematiky  bola  dôvodom  toho,  že  o udelení  súhlasu  rokovala  vláda  a udelila súhlas  operatívne  na  svojom  zasadnutí  24.  marca  1999  bez  toho,  aby  predtým informovala  Národnú  radu  SR  a mala  k dispozícii  jej  stanovisko  (uznesenie).

Požiadavku  USA  a NATO  o povolenie  preletu  tankovacích  a vojenských bombardovacích lietadiel nad vzdušným priestorom Švajčiarska, Rakúska a Grécka tieto štáty  odmietli s argumentáciou, že nie je pre to nijaký dôvod. Grécko pritom už v tom čase bolo plnohodnotným členom NATO.

S prihliadnutím  na  túto  skutočnosť  bol  postoj  Slovenska  kľúčový  z hľadiska strategického  významu  jeho  súhlasu,  lebo  bez  neho  by  sa  tankovacie a bombardovacie lietadlá dostali na územie Juhoslávie zo severnej časti Európy iba cez Nemecko, Francúzsko a Taliansko. Súhlas slovenskej vlády teda výrazne skrátil letovú trasu a umožnil priame a intenzívne bombardovanie Juhoslávie.

Vzhľadom  na  túto  skutočnosť,  ktorá  zvýrazňuje  strategickú  polohu  SR, neobstojí  argument,  že  súhlas  vlády  SR  s preletmi  nad  územím  SR  nás  výrazne priblížil  k vstupu  do  NATO.  Práve  neudelenie  súhlasu  by  zvýraznilo  strategickú polohu SR a potrebu jeho začlenenia do NATO.

Bombardovanie Juhoslávie trvalo 3 mesiace a zahynulo počas neho cez 2000 civilistov,  spôsobilo  na  niektorých  miestach  zvýšenú  rádioaktivitu  a obrovské materiálne  škody.  Do  13.  apríla  1999  padlo  v prepočte  na  jedného  obyvateľa  9  kg trhavín  trinitrotoluénu,  čo  malo  za  následok    do  uvedeného  dňa  aj    81  zničených základných škôl, 42 stredných škôl, 6 vyšších škôl, 21 fakúlt univerzít, 6 študentských domovov  (internátov)  a 6  učňovských  škôl.  Už  v uvedenom  čase  teda  na  územie Juhoslávie padol dvojnásobok bômb v porovnaní s atómovou bombou zhodenou na Hirošimu.  Argument  vlády  SR  o snahe  zabrániť  humanitárnej  katastrofe v Juhoslovanskej oblasti Kosovo bombardovaním aj nevojenských cieľov a civilistov (detí, žien, starcov) je  prinajmenšom cynický.

https://www.youtube.com/watch?v=qiHzBR5NYgQ&feature=youtu.be