Jej kontinuitu neprerušil ani komunistický režim, hoci sa o to snažil. Pre mnohých Levočanov bol pamätný práve jún 1949, keď v meste vypukla Levočská vzbura. Pred miestnu faru vtedy prišlo takmer 300 ľudí z mesta i okolitých dedín, ktorí chceli chrániť vtedajšieho levočského farára Jozefa Vojtasa pred zatknutím a odvedením. Komunisti chceli ľudí vyprovokovať k násilnostiam a prekaziť tak konanie púte na Mariánsku horu. Aj keď sa púť v danom roku nakoniec konala, vo väzniciach s neprimerane tvrdými trestami skončilo 52 ľudí, informoval prostredníctvom tlačovej správy Kamil Tomčofčík z oddelenia cestovného ruchu a rozvoja mesta.
Cirkev v Československu sa stala terčom útokov po roku 1948, keď bol zavedený totalitný režim. Jeho cieľom bolo zlikvidovať cirkev úplne. „Udalosti z júna 1949 sa radia k najdramatickejším konfliktom monopolnej socialistickej politickej moci nielen s cirkvou, ale aj s kresťanskou tradíciou a katolíckym vierovyznaním slovenského národa. Spiš bol už v tom čase štátnou ideológiou obviňovaný z klérofašizmu a protištátnych aktivít,” pripomenul levočský dekan František Dlugoš.
Už v máji 1949 začali miestni funkcionári navštevovať kňazov a veriacich a zbierať podpisy na vyhlásenie takzvanej Katolíckej akcie. Tým, ktorí ju nepodpísali, hrozilo prenasledovanie. To viedlo biskupov k vydaniu pastierskeho listu, v ktorom označovali katolícku akciu za nezákonnú, rozvratnícku a protikresťanskú. Aj napriek hrozbe trestného stíhania väčšina kňazov v nedeľu 19. júna 1949 tento list prečítala veriacim počas bohoslužieb. Fary následne začali navštevovať štátni úradníci, veriaci sa tak začali obávať zatýkania kňazov. Práve to vyvolalo otvorené vzbury v asi 50 slovenských obciach. Najväčšou z nich bola Levočská vzbura. „V Levoči išlo o protiprávne a ničím neodôvodnené zatknutie levočského farára, kanonika Jozefa Vojtasa. Takmer tristo ľudí prišlo pred faru brániť svojho obľúbeného a uznávaného dušpastiera. Kvôli zbytočnej horlivosti vtedajšieho predsedu komunistickej strany v Levoči sa spočiatku pokojný protest rozhorel do otvoreného incidentu. Privolané policajné posily reagovali na spravodlivé rozhorčenie levočských veriacich neprimerane tvrdo a sami spôsobili chaos. Ešte tvrdší postup zvolili vtedajšie súdy, ktoré účastníkom levočskej vzbury vymerali také vysoké tresty, ktoré boli v rozpore s vtedajším platným trestným poriadkom,” priblížil Dlugoš. Do väzenia sa dostali mladí chlapci, matky malých detí, či živitelia rodín. Mnohí si celé tresty odsedeli vo väzniciach v Leopoldove či Ilave. Niektorí dostali v roku 1950 amnestiu, iným boli časti trestov odpustené. Po prepustení im boli na úrade práce pridelené nútené práce v bani a iné ťažké práce. Farára Jozefa Vojtasa počas vzbury neobvinili, štátna bezpečnosť ho zaistila v júli 1950 a väznený bol až do roku 1969.
Levočský dekan spoznal počas svojho pôsobenia v Levoči takmer polovicu účastníkov odsúdených v Levočskej vzbure. Do večnosti vyprevadil aj v čase vzbury jej najmladšiu účastníčku Máriu Repákovú, rod. Neupauerovú. „Mária Vilkovská dostala 10 rokov tvrdého žalára napriek tomu, že bola v tom čase matkou maličkého dieťaťa, pokiaľ sa pamätám, trojmesačného. Z otcov, ktorí svoju statočnosť zaplatili nesmiernym utrpením, si zasluhuje spomienku Michal Hasaj. Bol uväznený a doma zostala manželka s dvomi maličkými deťmi,” zaspomínal aj na ďalšie osudy účastníkov vzbury levočský dekan, ktorý dal už pri príležitosti 50. výročia udalosti osadiť v Bazilike sv. Jakuba pamätnú tabuľu s menami a výškami trestov odsúdených.