V roku 894 sa stiahol z verejného života (zomrel?) a na stolci v Nitre, kde bolo jadro ríše, opierajúce sa o neďalekú hospodársku základňu, bane, ho nahradil Mojmír II. Mal Mojmír dôvod sťahovať sa do juhomoravských močiarov? Veď by bol neďaleko hranice s Nemcami, ktorá po vojdení Čechov, vedených Spytihněvom, pod „franskú ochranu“ na sneme v Rezne v roku 895, bola ešte bližšie. A po strate polabských Srbov význam „moravskej“ časti ríše sa opäť zmenšil.
Mojmír II. vládol aj po tom, čo sa od neho odtrhla Panónia a v Potisí sa ocitli Maďari. Bojoval s bratom Svätoplukom II., ktorý v roku 897 navštívil Arnulfa a na budúci rok (898) ho napadol vedno s Bavormi. To, že Svätopluk II. „sedel“ v Nitre, to je nepodložený dohad. Nepomohli mu ani tri výpravy, Mojmír II. svoju pozíciu ubránil. A aby bol mocnejší, vyslal v roku 898 poslov k pápežovi so žiadosťou o obnovenie cirkevnej provincie. Boli tu teda kňazi v primeranom počte (v roku 886 neboli vyhnaní všetci) a medzi nimi osoby súce za biskupov, schopných spravovať cirkevnú provinciu. Z celkového počtu asi štyristo Metodových žiakov Viching vyhnal dvesto, ostatní ostali najmä na východe, pričom vichingovci boli najmä v západnej časti ríše, na dnešnej Morave.
Okolo Mojmíra II. stáli zrejme silní duchovní vodcovia na čele s Gorazdom, a iste myšlienka obnovy cirkevnej provincie bola jeho. Blízko boli strediská pre Bavorov nedobytné. Z písem je známa Nitra, Devín, Bratislava, a tiež – od Agricolu – Bana (Banská Štiavnica), Kremnica, Zvolen, všetko slovenské lokality.
Gorazd, pápežským legátom Metodom ustanovený za správcu miestnej cirkvi, nemohol sídliť – rovnako ako Metod – na západ, ale ak už nie v Nitre, tak len na východ od nej, a pritom nie veľmi ďaleko. V dnešných Zlatých Moravciach (podľa Valašíka) alebo v Banskej Štiavnici (podľa Cengela), ktorú nedobyli ani Turci?
V Ríme sa po smrti pápeža Formozu (896) za dva roky vystriedali štyria pápeži a v januári 898 nastúpil Ján IX. Ten rozdelil pasovské biskupstvo na päť častí, z čoho štyri boli na území Mojmírovej ríše. Bol tento zásah do bavorských cirkevných štruktúr odpoveďou na desaťročia nemeckých obštrukcií, obžaloby a väznenia Metoda, Vichingových intríg, vyhnania kňazov? Zdá sa, že pápež konal tak, aby zamedzil takým praktikám, zriadil Slovenom novú arcidiecézu a tri diecézy.
Po smrti kráľa Arnulfa v decembri 899 vyslal k Mojmírovi pápežských legátov, arcibiskupa Jána a biskupov Benedikta a Daniela, ktorí vysvätili arcibiskupa a troch biskupov. Dá sa usúdiť, že legáti boli u nás vyše roka a že osobne prešli celé územie ríše.
Nevieme, kde boli sídla arcidiecézy a troch diecéz. Sídlo arcidiecézy nemohlo byť pri nemeckých hraniciach. Peter Cengel v knihe „Metod na Slovensku“ tvrdí, že bolo v Banskej Štiavnici, kde nachádza aj zvyšky dvoch katedrál, a jej meno mohlo byť – podľa Cingela – odvodené od Hrona (Granská arcidiecéza). Domýšľa, že po roku 1000 bolo jej centrum prenesené o 60 kilometrov južnejšie, do Ostrihomu, ktorého latinské meno je – Gran.
Jediným písomne známym sídlom biskupstva pred rokom 898 bola Nitra, nikde – ani v „Dejinách bavorských biskupov“ – sa nespomína iné sídlo, ani povestná „Morava“. Možno teda predpokladať, že Ján IX. povýšil na arcibiskupstvo nitrianske biskupstvo? Tu sídlil Svätopluk a po ňom Mojmír II. Kde však sídlil Metod, keď Nitra patrila Vichingovi? Z praktických dôvodov to muselo byť blízko Nitry. Marián Valašík sa domnieva, že to bolo v meste Morava, teda v Zlatých Moravciach. Tie sú uvedené v druhej Zoborskej listine z roku 1113 ako Morowa – Morava. A iné mesto s takýmto menom vtedy nejestvovalo.
Úvahy o sídle Metoda (a následne aj Gorazda) ovplyvňuje aj nález pyxidy (schránky na šperky a kadidlo, relikvie či eucharistiu) v Čiernych Kľačanoch pri Zlatých Moravciach. Ide asi o jeden z darov, ktoré priniesla misia solúnskych bratov Rastislavovi. Podľa Titusa Kolníka mohla slúžiť aj ako schránka na relikvie sv. Klimenta.
Keďže pyxidu, ako artefakt patriaci cirkevnému hodnostárovi, našli školáci v roku 1974 vo výkope pre vodovodné potrubie neďaleko rozrušeného cintorína z 9. až 10. storočia – môže to naznačovať, že na tom cintoríne mohol byť pochovaný niektorý z Metodových žiakov, ktorý opatroval pyxidu.
Pri odpovedi na otázku, prečo sa pyxida nenašla v Nitre, ale pri Zlatých Moravciach, zvažuje Titus Kolník, že ju z Nitry odniesli v období pohnutých udalostí prenasledovania Metodových kňazov, a že sa mohla ocitnúť v držbe tých príslušníkov staroslovenského obradu, ktorí neodišli, ale sa uchýlili do podhorských oblastí na sever a východ od Nitry. Prečo by to nemohol byť práve Metodov obľúbenec Gorazd? Nesvedčí premenovanie niekdajších Kňažíc, ktoré sú písomne doložené v roku 1075 aj s kostolom, na Žitavany, o úsilí prekryť naše najstaršie dejiny? A toto úsilie sa dodnes neskončilo – však podčiarnici?
Vychádzame z toho, že pápežovi legáti na arcibiskupa povýšili Gorazda, podľa wikipedie „veľkomoravského biskupa a literáta.“ On bol spolu s Konštantínom (Cyrilom) a Metodom v roku 867 v Ríme, kde ho za kňaza vysvätil budúci pápež Formozus (868). Je možné, že spolu s Metodom ho pri návrate z Ríma zajali a väznili franskí biskupi. Jeho osudy po smrti Metoda sú nejasné. Nakrátko, do výčinov Vichinga, sa ujal vedenia byzantskej misie, a potom? „Bulharská legenda“ hovorí o jeho odstránení z biskupského stolca a väznení. Nespomína však, že by bol vyhnaný z územia Slovenska ako Kliment, Naum a Angelár. Je preto možné, že u nás prežil Vichinga a keď umrel, pochovali ho s pyxidou v Čiernych Kľačanoch. Marián Valašík ide v úvahách ešte ďalej. Metodovi žiaci zrejme uchovávali v pyxide zvyšky jeho kostí po tom, ako hrob rozmetali vichingovci, a keď zomrel jeden z posledných z nich, najistejším miestom Metodových relikvií sa stal hrob jeho žiaka. A bol len jeden muž, ktorý mal morálne právo Metodovu pyxidu vlastniť. Ten, koho určil sv. Metod za svojho nástupcu – Gorazd.
Existujú aj iné teórie o jeho osude. Podľa jedných bol po vpáde Maďarov nútený utiahnuť sa do zahraničia, do Čiech, Poľska alebo Bulharska. Podľa iných sa jeho ostatky nachádzajú v katedrále v Berate (Albánsko), ktorý sa kedysi volal Belgrad alebo Belograd, spolu s ostatkami Angelára.
Zachovali sa listy nemeckých arcibiskupov pápežovi z roku 900. Salzburský Theotmar a mohučský Hatho protestovali nimi proti krokom pápeža Jána IX., že konal bez konzultácie s nimi a legáti zriadenie slovenských diecéz im oznámili až pri návrate do Ríma. Tým zamedzili intervenciám a konaniu Nemcov ako v prípade iného pápežského legáta, totiž Metoda.
Z listov vieme, že Sloveni/Slováci žili okolo roku 900 aj v Panónii, a že Nemci všade tam vykonávali aj svetskú správu a nikto im v tom neodporoval. Teraz sa však Sloveni skrývajú v skrýšach a hradoch, čím sa stali pre šíriteľov kresťanstva a vyberačov daní z Bavorska neprístupní. Ale že oni „(budú Slovenov/Slovákov) považovať za svojich poplatníkov, a či už chcú, alebo nechcú, budú podrobení našej ríši.“
Arcibiskupi označili náboženstvo na Veľkej Morave za neverecké. „Nijako totiž neveríme tomu, že by bol od Svätej apoštolskej stolice pochádzalo niečo prekrútené,“ napísal Theotmar, ktorý sa v roku 907 ešte pred porážkou Bavorov pri Bratislave vzdal cirkevnej správy u nás, a v tom istom roku, štvrtého júla v bitke pri Bratislave, keď išiel do boja aj s biskupskou berlou, zahynul.
Sloveni/Slováci neostali Nemcom nič dlžní, vyháňali nemeckých kňazov a kráľovských vyberačov daní. Vyjadrovali silný odpor proti Nemcom, vysmievali sa im, používali ľsti – aj sa preobliekali za Maďarov a vyhrážali sa im. Označovali náboženstvo Nemcov za chybné, rozširovali, že Nemci s Maďarmi majú pohanské zvyky a že dali Maďarom peniaze, aby napadli Itáliu. Cítili sa mocní a ich odpor sa nedal zlomiť nemeckou vojenskou mocou.
Nemci potrebovali pomoc Maďarov…