Za rožňavského biskupa ho vysvätil 8. decembra 1925 v bratislavskom Dome biskup Marián Blaha. Pražská vláda proti tomu ostro protestovala a nikdy ho neuznala za diecézneho biskupa, chcela dokonca rožňavskú diecézu zrušiť.
Po viedenskej arbitráži, keď sa Rožňava stala súčasťou Maďarska, zostal v Rožňave. V rámci horthyovského Maďarska sa snažil o reorganizovanie a podporu duchovného života Slovákov.
Zomrel 22. februára 1945 v rožňavskej nemocnici na následky mučenia počas prepadu biskupskej rezidencie partizánmi 9. januára 1945. V noci štyria partizáni vyvliekli biskupa spolu s generálnym vikárom Róbertom Pobožným do pivnice, kde boli súdy s vínom. Tam biskupovi oznámili, že ho zastrelia, aby sa pripravil na smrť. Sadisticky ho však mučili a keď si krutovládci upili, prestali s mučením, nechali ho kľačať na kolenách a potom sa mu vysmiali: „Choď preč! Škoda náboja, si už starý!“ Biskup sa nervovo vyčerpaný vrátil do svojho bytu a už sa nedostal do poriadku. Pohrebným obradom, ktoré sa konali 26. februára 1945 v katedrále v Rožňave, predsedal apoštolský administrátor Košickej, Satmárskej a Rožňavskej diecézy biskup Jozef Čársky a telesné pozostatky biskupa Michala Bubniča boli dočasne uložené do krypty katedrály. V máji 1947 jeho ostatky previezli z Rožňavy a uložili v kaplnke vedľa Kostola Najsvätejšieho Srdca Ježišovho v Borinke.
Vo výročný deň jeho smrti položili kyticu na jeho hrob v Borinke Miroslav Vetrík a Marián Tkáč, členovia predsedníctva KDŽP – Aliancia za Slovensko.
Video: Mučeník Michal Bubnič
Marián Tkáč