Po Františkovom vianočnom príhovore sa predpokladalo, že pápež myslel najmä kardinála Müllera ako dôverníka predchádzajúceho pápeža Benedikta XVI. K nezvyčajne jasnej kritike Františka na adresu intrigánov vo Vatikáne kardinál Müller povedal:
„V každom prípade sú intrigy a komploty nezlučiteľné s cťou duchovného.“ Müller sám musel od júla zložiť úrad prefekta Kongregácie pre náuku viery. K tomu pre Zeit povedal, že tým bol prekvapený, „keďže sa pri tom neuviedli objektívne ani subjektívne dôvody“. Pripúšťa, že kritizoval štýl pápeža, ale: „Nešlo o mňa, Ja som sa postavil za svojich troch najlepších spolupracovníkov v mojej kongregácii, ktorí boli bez udania dôvodov na hodinu prepustení. Ak sa to interpretuje ako neprístojné, alebo nemúdre, nech je tak. Ja som kňaz a nijaký dvoran. Basta!“
Müller sa nevidí ako konzervatívny protihráč pápeža:
„Ja už z princípu nie som nijaký antipól k pápežovi. A už vôbec nepochádzam z nejakého ideologického smerovania, či už sa nazýva konzervatívne, alebo progresívne, pravé či ľavé. Pápež František nie je liberál, ani konzervatívec a nepotrebuje protihráča – ani konzervatívneho, ani progresívneho.“