V roku 1564 sa Ženeva stala kalvínskym Rímom. A kalvínom cvengot mincí dodnes pripomína šelest anjelských krídel. Rozchod anglikánov s pápežstvom nemal také vznešené príčiny ako luteranizmus či kalvinizmus (išlo o rozvod kráľa) bol dovŕšený v roku 1537. Vo všetkých prípadoch reformácia poskytla šľachte vítanú možnosť zmocniť sa cirkevných majetkov, vrátane kostolov. V chaotickom prostredí po bitke pri Moháči, v ktorej zahynulo veľa cirkevných hodnostárov, bolo v druhej polovici 16. storočia územie Slovenska takmer celé protestantské. Z miest zostali katolícke len Trnava a Bratislava.

S reformáciou sa spája vznik Confessio Pentapolitana, združenia piatich východoslovenských miest na čele s Bardejovom, ako aj Confessio Heptapolitana, združenia siedmich banských miest na čele s Kremnicou a Banskou Štiavnicou. Reformácia priniesla prvé tlačiarne, v roku 1581 vyšla v Bardejove prvá vytlačená slovensko/česká kniha: „Katechyzmus D. M. Luthera.“ Protestantský exulant zo Sliezska Juraj Tranovský, ktorý bol kazateľom v Liptovskom Sv. Mikuláši, vydal zbierku českých duchovných piesní „Cithara Sanctorum“ v roku 1636. Evanjelický pastor v Prešove Jakub Jakobeus vydal  v roku 1642 v Levoči rozpravu „Viva gentis Slavicae delineatio,“ v ktorej silne slovakizovanou češtinou oslavoval dejiny slovenského národa od najstarších čias.

Osudy Slovenska však poznamenala aj rekatolizácia, ktorá sa odvíjala od Tridentského koncilu (1545–1563). Ten zaujal k reformácii zásadné stanovisko: neplatí tvrdenie, že Boh rozdelil ľudstvo na vyvolené a zavrhnuté, najpodstatnejšie zo všetkého je láska, bol potvrdený celibát. Vodcom rekatolizácie sa stal Bask Ignác z Loyoly (1491–1556), pôvodne dôstojník, ktorý sa po ťažkom zranení pri Pamplone obrátil a v roku 1540 založil Societas Jesu – Tovarišstvo Ježišovo, jezuitský rád. Už čoskoro, v roku 1561 pozval arcibiskup Mikuláš Oláh jezuitov do Trnavy, od roku 1856 boli v Kláštore pod Znievom, 1604 v Košiciach, 1607 v Bratislave, od roku 1615 v Humennom na pozvanie grófa Juraja Drugeta. O vtedajšom vplyve cirkvi svedčí, že pápež Gregor XIII. nariadil reformu kalendára na základe tridentského koncilu. V roku 1582 po 4. nasledoval 15. október, aby došlo k odstráneniu odchýlky medzi lunárnym a kalendárnym rokom. U nás bol nový kalendár prijatý o päť rokov.

Významnú rolu pri rekatolizácii zohral kardinál Peter Pázmaň (1570-1637), pôvodom kalvín, ktorý sa stal v októbri 1616 (dva mesiace pred smrťou Juraja Turza) ostrihomským arcibiskupom so sídlom v Trnave. V roku 1623 založil internát – rímskokatolícky seminár – pre chudobných uhorských študentov vo Viedni, známe Pázmaneum, v ktorom sa vychovalo množstvo slovenských vlasteneckých katolíckych kňazov – napríklad Ján Baltazár Magin, Jozef Ignác Bajza, Andrej Radlinský, Martin Hattala, Michal Chrástek, Ferdinand Juriga, Jozef Tiso. Na jeho príkaz vydali v roku 1625 „Ostrihomský rituál/Rituale Strigoniense,“ v ktorom sú slovenské texty, pochádzajúce asi zo 14. storočia, zapísané v kultúrnej stredoslovenčine. Je to naša najstaršia tlačená kniha, v ktorej je slovenčina podobná tej, ktorá sa v 19. storočí stala spisovným jazykom.

Pázmaň priviedol späť do katolíckej cirkvi členov významných šľachtických rodov: Esterháziovcov, Forgáčovcov i časti Turzovcov. V máji 1635 otvoril v Trnave druhú univerzitu v dejinách Slovenska (v roku 1777 ju presťahovali do Budapešti), na ktorej prvú prednášku mal dekan filozofickej fakulty, Slovák Martin Palkovič. Univerzita sa stala vzdelanostným a intelektuálnym centrom Uhorska. Dva roky po naplnení svojho životného sna, založenia univerzity, Peter Pázmaň umrel a je pochovaný v Bratislave (v katedrále sv. Martina). Nedožil sa už posvätenia univerzitného chrámu sv. Jána Krstiteľa v Trnave.

Reformácia priniesla aj odbojné aktivity maďarskej šľachty predovšetkým kalvínskeho vierovyznania, ktoré sa pravidelne opakovali pod zámienkami náboženských a stavovských slobôd, a to za cenu ohromných ľudských a materiálnych strát. Bojovalo sa proti katolíckym Habsburgovcom za lokajskej podpory Osmanskej ríše. Séria povstaní sa začala na Tri krále 1604. Keď cisársky veliteľ, taliansky šľachtic Barbiano di Belgioioso, odobral košický Dóm protestantom a nariadil vyhnať z Košíc všetkých ich kňazov, reagoval Štefan Bočkaj (1557–1606) s vytaseným mečom. V roku 1605 odovzdal v Pešti turecký veľkovezír kráľovskú korunu Bočkajovi.

Bočkajove vojská spustošili v máji 1605 aj majetky palatína Turza, v Bytči podpálili zámok a dokonca vykradli hrob jeho otca Františka. Príčinou bolo, že luterán Juraj Turzo sa nepridal k Bočkajovi, ostal na strane katolíckej Viedne – keďže mu prekážalo Bočkajovo spojenectvo s Turkami, ktoré ich fakticky udržiavalo v Uhorsku a umožňovalo im ho drancovať.

Inak sa zachoval jediný Turzov syn Imrich (1598-1621) počas Betlenovho povstania. Toho ako 17-ročného študenta v októbri 1615 inštalovali do funkcie rektora univerzity. Štúdia sa však už 1. mája 1616 vzdal a vrátil sa do Bytče. Zastával hodnosť hlavného oravského župana a na bratislavskom sneme (v marci až júli 1618) ho zvolili za kráľovského tabulárneho sudcu. Ako 20-ročný sa oženil so 14-ročnou Kristínou Ňáriovou z Bodrogu a aj to bol zrejme dôvod, že sa stal jedným z hlavných mužov kalvína Betlena, ktorý začal buntošiť v roku 1616. Krutým faktom je, že Betlenovi hajdúsi umučili 7. septembra 1619 troch košických jezuitov, ktorých v roku 1995 pápež Ján Pavol II. vyhlásil za svätých. Imrich Turzo 25. augusta 1620 na sneme v Banskej Bystrici podporil zvolenie Gabriela Betlena za uhorského kráľa. Zúčastnil sa viacerých vojenských akcií, bol aj v bitke na Bielej hore. A bol hlavným Betlenovým vyjednávačom o mieri s cisárskou delegáciou. Rokovania sa začali koncom januára 1621 v Hainburgu a z cisárovej strany sa na nich zúčastnil aj budúci palatín Stanislav Turzo. Po troch mesiacoch sa rokovania skončili, a cisárova armáda sa dostala až k Novým Zámkom, kde 24. júla 1621 utrpela zdrvujúcu porážku od Betlena. Druhá fáza mierových rokovaní sa začala 11. októbra v Mikulove na Morave. A tu Imrich Turzo 19. októbra 1621 o piatej hodine ráno zomrel. Pochovali ho na Oravskom hrade 16. januára 1622. Jeho priateľ a spoluvyjednávač, Ján Bocatius, zomrel tiež v Mikulove, necelé dva týždne po ňom.

O príčinách smrti Imricha Turza existujú pochybnosti. Mohol byť otrávený na podnet Betlena, ktorý na rozdiel od Turza vlastne nechcel uzavrieť mier. Možné násilné ukončenie jeho života však má aj iné vysvetlenie: v cisárskej delegácii bol aj Mikuláš Esterházi, ktorý sa po predčasnej Turzovej smrti stal druhým manželom Kristíny Ňáriovej a vďaka tomu prišiel k rozsiahlym turzovským majetkom. Jeho a Kristínin syn Pavol Esterházi sa stal palatínom (1681) a o šesť rokov (1687) dokonca kniežaťom.

Majetok po Imrichovi Turzovi, ktorým táto vetva rodu vymrela, spravovala jeho matka Alžbeta Coborová. Na základe testamentu Juraja Turza zriadila Oravský komposesorát, akúsi účastinnú spoločnosť nad turzovským majetkom, osobitne lesmi, ktorý pretrval až do roku 1946. A tak cez správu majetkov ďalších 15 či 16 turzovských potomkov po ženskej línii ovplyvňovali osudy predovšetkým severného Slovenska. Jeden zo správcov komposesorátu v rokoch 1675–1713 – Juraj Erdődi – založil osadu Erdutku (dnes Oravská Lesná), čím napodobnil Juraja Turza, ktorý založil v roku 1598 Turzovku.

Protihabsburské boje prebiehali celé 17. storočie. Povstaniu Betlenovho nástupcu zo Sedmohradska Juraja I. Rákociho predchádzali roľnícke nepokoje na Zemplíne, Šariši a Spiši, ktoré v lete 1632 jeho vojská spacifikovali. Keď švédske vojská v priebehu tridsaťročnej vojny vstúpili na Moravu (1644), napadol východ Slovenska a postupoval na západ, aby sa spojil so Švédmi. Po uzavretí mieru medzi ním a cisárom Ferdinandom III. v roku 1645 získal Rákoci Tokaj a dosiahol obnovenie zákonov o náboženskej slobode z roku 1608.

Keďže sa Rákociovci usilovali priviesť pravoslávnych veriacich k protestantizmu, 63 pravoslávnych kňazov sa pod patronátom Drugetovcov zjednotilo v Užhorode 24. apríla 1646 s katolíckou cirkvou. Tá im umožnila zachovať si liturgický jazyk i možnosť vysväcovať za kňazov ženatých mužov. Takto oficiálne vznikla (obnovila sa?) gréckokatolícka cirkev, ktorej symbolom je trojramenný kríž. Jej prvým biskupom sa stal Peter Petrovič zo Sekúl pri Moravskom Sv. Jáne.