Medzinárodne známym sa stal Fernandez ako najdôležitejší tvorca dokumentov pápeža. Návrhy mnohých textov pápeža pochádzajú od neho a teologicky sú si obaja veľmi blízki.
Po kňazskej vysviacke v r. 1986 a štúdiu na Gregoriane v Ríme bol Fernandez docentom teológie v jeho domovskej diecéze Rio Cuarto. Od r. 1993 už učil na Katolíckej univerzite Argentíny (UCA) a v Rio Cuarto mal ešte na starosti pastoráciu, katechetické projekty a hnutie charizmatickej obnovy. V r. 2007 ho Benedikt XVI. menoval za účastníka na plenárnom zasadnutí Konferencie latinskoamerických biskupských konferencií (CELAM) v Aparecide. Tam pôsobil ako teologický poradca Biskupskej konferencie Argentíny pod kardinálom Jorge Mariom Bergogliom. V r. 2011 sa stal rektorom UCA.
Odkedy univerzita konci apríla oznámila jeho rezignáciu, očakávalo sa jeho menovanie za arcibiskupa La Platy. Tam bude progresívny dôverník pápeža nástupcom skôr konzervatívneho arcibiskupa Aguera.