Výskumná agentúra je rozpočtovou organizáciou zriadenou Ministerstvom školstva, vedy, výskumu a športu SR. V programovom období 2014 – 2020 sa podieľa na zabezpečovaní procesu implementácie pomoci z európskych štrukturálnych a investičných fondov pre oblasť výskumu v rámci operačného programu Integrovaná infraštruktúra. Finančné prostriedky sú poskytované z Európskeho fondu regionálneho rozvoja.