Vo svojich viac ako 250. prácach sa zaoberal aj filológiou, politikou, prírodnými vedami i umením. Bol aj „zdokonalovateľom“ českého jazyka.

Narodil sa v dedinke Nivnice pri Uherskom Brode. Vo veku 11 rokov už bol sirotou a 3 roky strávil u tety v Strážnici pri slovenskej hranici. Tvrdé skúsenosti z detstva ovplyvnili jeho neskoršie názory na život i ľudí. Jednoduchý rodinný pôvod spôsobil, že Amos vždy myslel aj na tých najúbohejších.

Negatívne zážitky so zastaralým školským systémom scholastiky vyvolali v ňom pocit potreby nových metód vyučovania. V roku 1611 odišiel s viacerými prívržencami Moravských bratov na novozaloženú kalvinistickú vysokú školu v Herborne študovať teológiu. Odtiaľ podnikol aj svoju prvú študijnú cestu po západnej Európe, pričom bol aj v Amsterdame. V rokoch 1613-14 študoval v Heidelbergu.

Po ukončení štúdií v západnej Európe sa vrátil do vlasti. Cestu z Heidelbergu do Prahy prešiel peši, lebo nemal financie.

Koncom roku 1614 sa v Přerove stal na škole Moravských bratov rektorom a učiteľom. Najdôležitejším dielom z tohto obdobia boli „Listy do neba“ – sociálno-teologická práca pozostávajúca zo štyroch obsiahlych listov, ktoré si fiktívne vymenil Kristus s chudobnými a s bohatými. S tohto času je aj list, ktorý poslal spriatelenému teológovi, v ktorom veľmi rozhodne odmietal ošiaľ upaľovania čarodejníc a i násilie proti ženám.

Situácia protestantov v Čechách sa po porážke na Bielej hore v roku 1620 veľmi zhoršila. Moravský šľachtic Karel so Žeratína , ktorý sa nezúčastnil povstania proti cisárovi  prichýlil Komenského a niekoľkých jeho druhov na svojom zámku. Amosovi medzičasom zomreli dvaja synovia i manželka.

1623-25 vyšli jeho významné diela „Spisy útechy“, „Trúchlivý“, Labyrint sveta a raj srdca“ a „Centrum securitatis“. Z veľkej časti boli prejavom jeho ubolenej, depresiami trpiacej duše. Veľmi výrazne charakterizujú základné elementy myslenia Komenského. Poukazujú na to, že človek a jeho svet sú veľmi ďaleko od ideálneho stavu harmónie. Najmä „Labyrint sveta“  je majstrovská filozoficko-poetická práca vysokej literárnej kvality.

1624 sa opäť oženil a vzal si dcéru biskupa Moravských bratov. Absolvoval niekoľko dlhších ciest, o.i. do Berlína a Amsterdamu, kde vyšla jeho publikácia „Nová mapa Moravy“. V tom čase sa už veľmi zhoršilo postavenie protestantov v Čechách a pre ich reprezentantov bola situácia až životunebezpečná. Jeden z najvýznamnejších bol Komenský. Preto odišiel do poľského exilu na čele asi 1000 moravských exulantov. Ich domovom sa stalo Leszno, kde prežil 13 rokov, ktoré boli ideovo a literárne jeho najplodnejšie.

Vtedy vznikla jeho obsiahla korešpodencia s poprednými európskymi učencami a aj jeho vynikajúce práce, podčiarkujúce jeho genialitu:

Česká didaktika, Brána jazykov otvorená, Informatórium školy materskej, Prehľad fyziky, Didactica Magna

Pansofické spisy: Prelúdiá, Predchodcovia pansofie, Objasnenie snažení pansofie a ďalšie……

Pod pansofiou rozumie Komenský poznanie a múdrosť pre všetkých ľudí a jej vyučovanie za cieľ zušľachtenia ľudského ducha. Udalosti v roku 1632 sa vyvíjali tak, že priniesli ďalšie sklamania pre protestantov a sny o slobode pre ich náboženstvo sa rozplynuli. Bol to dôležitý moment v živote Amosa – rozhodol sa vydávať všetky svoje diela len v latinčine. Symbolicky to vyznelo tak, že kňaz a učiteľ opustil úzky priestor svojej cirkvi a stal sa svetobčanom. Začal vytvárať svoj vlastný filozofický systém.

Dostal sa na vyšší stupeň myslenia a vnímania, kde boli pre neho všetky objekty a všetci ľudia navzájom spojení. Prišiel čas, keď sa veľmi intenzívne konfrontoval s učením veľkého filozofa Francisa Bacona. Vo svojej filozofickej knihe „Šťastný kováč“ dáva do opozície voči Baconovmu ideálu, ktorým je homo politicus, svoj ideál homo pansoficus.

V roku 1640 odchádza na pozvanie anglických učencov do Londýna. Svoje myšlienky a podnety predniesol i anglickému parlamentu. Jedným z podnetov bol návrh, aby sa stretávali pravidelne najlepší učenci Európy. Bolo to niečo neobyčajne progresívne, čo predtým ešte nikto nevyslovil. Anglicko ho očarovalo možnosťami, ktoré sa mu tam núkali a najmä náboženská sloboda sa mu tam páčila. Chcel sa tam vyťahovať. Manželka však nesúhlasila a tak sa vrátil naspäť cez Amsterdam, kde sa stretol s početnými učencami, aj s René Descartom. Obaja sa po celý život intenzívne zaujímali o filozofiu toho druhého.

Vplyvná a bohatá holandská rodina de Geerosovcov, ktorá Amosa už dlhé roky uznávala, mu sprostredkovala stretnutie so švédskou kráľovnou Kristínou v Štokholme. Tá mu navrhla, aby vypracoval v Elbingu reformu učebníc a pedagogických diel v latinčine.  Ako 50 ročný tam prišiel s dvoma dcérami a ženou. Penzum jeho práce bolo obrovské, lebo súčasne pracoval aj na pansofii.

V roku 1648 sa vrátil do Leszna, kde krátko po príchode zomrela jeho žena. Zvolili ho za biskupa jeho Bratstva a ako 57 ročný sa oženil tretí raz. Knieža Rákoczi vládca Sedmohradska, sám protestant ho pozval do svojho sídla v Sárospataku, aby tam reformoval latinskú školu v zmysle jeho pansofie. Po štyroch rokoch sa vrátil posledný raz do Leszna na 2 roky. Potom odišiel do Amsterdamu, kde po 14. rokoch zomrel a jeho hrob je v blízkom Naardene.

Komenského filozofia vznikla na prahu novoveku a má dva aspekty – statiku stredovekého myslenia, ale i pôsobivú dynamiku začínajúcej novej epochy.

Jeho teológia je ekumenická, zmierujúca a pansofická – odsudzuje náboženské vojny. Všetky jeho výpovede a názory sú založené na princípe mierového spolunažívania národov.

Svojou výpoveďou: „Vojna je niečo absolútne beštiálne“ sa zaradil medzi prvých významných pacifistov histórie.