Tu pod vedením sv. Antona, ktorý si ho obľúbil, činil najväčšie pokroky vo všetkých cnostiach. Takmer 28 rokov viedol nad mieru prísny život, keď si zaumienil a odobral sa do celovej púšte v dolnom Egypte, aby tam viedol ešte prísnejší život. Púšť sa tak volala kvôli mnohým celám alebo domčekom, v ktorých žili pustovníci v najväčšej odlúčenosti a vídali sa iba v nedeľu pri bohoslužbách a sv. prijímaní. Ak niekto neprišiel na bohoslužbu, nazdávali sa, že je chorý a hneď’ sa všetci k nemu ponáhľali, aby ho opatrili a potešili. Modlitba a ručné práce boli ich výlučným zamestnaním. Plietli zväčša koše, ktoré predávali a utŕženými peniazmi podporovali chudobných.

Prísne sa umŕtvovali, jedli iba zeleninu a pili len vodu. Najprísnejšie sa však umŕtvoval Makárius. Celý jeho život bol nepretržitý pôst a ustavičné bdenie.

Keďže sa mu zdalo, že je od pravej dokonalosti ešte ďaleko a dopočul sa o výnimočnosti kláštora Tabenny, pobral sa tam, preoblečený za remeselníka, aby sa pod vedením opáta Pachomia ešte viac formoval ku spáse. A tak bol prijatý ako neznámy a prevýšil všetkých prísnym životom, zvlášť pôstom a usilovnosťou v ručných prácach, tak že sv. Pachomius, keď ho neskôr z Božieho vnuknutia spoznal, ďakoval mu, že dal tak dobrý príklad jeho bratom, ktorí sa mu v prísnosti života nemohli vyrovnať, alebo ho prevýšiť.

Odtiaľto sa svätec odobral medzi vrchy zvané Nitria, aby sa pred svetom ešte viac ukryl. Keď sa ale Alexandrijský patriarcha dozvedel o jeho pobožnosti a cnosti, povolal si ho k sebe, a aby s väčším úspechom mohol vyučovať, vysvätil ho za kňaza. Aké ušľachtilé ovocie vydávalo jeho vyučovanie , o tom svedčí nasledujúci príklad. Niekto poslal sv. Makariovi ako dar krásny veľký strapec hrozna. Makarius chcel týmto strapcom urobiť jednému chorému bratovi radosť a poslal mu ho. Tento však sa ho nedotkol nedotkol a poslal ho susedovi a ten zas ďalej, a tak posielali strapec od jedného k druhému, až sa napokon neokúsený dostal do rúk Makária, ktorého táto bratská láska a zdržanlivosť dojala až k slzám, tak že položil strapec na oltár a povedal:„Bratská láska a zaprenie seba samého je tá najkrajšia obeta, ktorú Pánu obetovať môžeme.“ Takto svätec rástol v dokonalosti, nie síce bez zápasov a bojov, pretože ako zlato ohňom, tak človek musí byť očistený pokušeniami. No on zvíťazil vo všetkých skúškach, odovzdávajúc sa ticho do Božej vôle. Takto zvíťazil nad diablom, ktorý naň dorážal, aby samotu opustil, a išiel do Ríma a posluhoval tam chorým, lebo si uvedomoval, že to, čo ho pokúša, je svorka samoľúbosti a pýchy. Takto zvíťazil nad žiadosťami tela, i nad smútkom a clivosťou, odovzdávajúc sa vždy do vôle Božej. Avšak ešte aj s inými nepriateľmi musel bojovať. Ariánske učenie síce zapustilo silné korene aj v Egypte, ale našlo si nezlomných a vytrvalých odporcov práve u mníchov a pustovníkov.

Títo mužovia bez všetkej vedeckej vysokej vzdelanosti nepretriasali a nevykladali sväté Písmo podľa svojich pocitov, ale sa výlučne držali svedectva svojich svätých otcov a vodcov, ktorí svoju svätosť dokázali skutkami. Viera v Krista, večného Syna Boha živého, im bola skvejúcim diamantom v korune viery, za ňu boli odhodlaní  všetko trpieť a obetovať. Cisár Valens (t 378) a ariánsky biskup Lucius z Alexandrie kruto prenasledovali okolo roku 376 katolíkov po celom Egypte a mečom a ohňom vnikli aj do tichých ciel a kláštorov na púšti.

Makárius sa však snažil pri každej príležitosti blúdiacich Ariánov poučovať a naspäť priviesť  k pravej viere o božstve Ježiša Krista. Jeho neobyčajná svätosť dodávala slovám neobyčajný dôraz, tak že sa mnohí vrátili do lona katolíckej Cirkvi. To sa však nepáčilo odporcom Cirkvi a ešte viac rozhorčení ho obžalovali ho u cisára, ktorý Makária aj s dvoma druhmi dal chytiť a v noci odviesť na ostrov ležiaci v močariskách. Na tomto ostrove bývali samí divosi. Avšak nepriatelia týmto mimovoľne prispeli k rozšíreniu katolíckej viery. Makárius sa stal pravým apoštolom tohto ostrova, jeho skutky a svätosť jeho života pôsobila tak zázračne na srdcia divochov, že prijali katolícku vieru. Nad tým sa zdesili Arianisti a keď sa dopočuli, ako ho medzi nimi mnohí nazývajú pravým apoštolom Pána, vypovedali ho z tohto ostrova a poslali ho späť do jeho samoty na púšť, kde po bohatej siatbe pre kráľovstvo nebeské svoj svätý život dokonal v 99. roku svojho života, v  roku 397.

Svätý Makárius opustil svet so všetkými jeho márnosťami. Prečo? Aby slúžil Bohu a dosiahol večné spasenie, cieľ každého človeka. Život vo svete je vždy spojený s mnohými nebezpečenstvami pre dušu, preto sa musí človek mnohokrát vyhýbať hluku sveta a hľadať samotu. Samota však sama v sebe nezaručuje človeku dostatočnú bezpečnosť. Svätý Makárius sa vyhýbal svetu, hl’adal a miloval samotu, a predsa nebol úplne v bezpečí.

Rozličné pokušenia na neho dorážali a musel s nimi neustále zápasiť, aby im nepodľahol. Aj my kamkoľvek sa pohneme, všade nosíme nepriateľa so sebou – našu zlú vôľu, náruživosť, sebalásku. Predsa však mnohí nechcú veriť, žeby nás takto diabol pokúšal. Veď’ človek by sa musel diviť, keby tomu nebolo tak. Naše telo žije vo svete viditeľnom, sily viditeľné vonkajšie na neho často nebezpečne účinkujú tak napríklad kto nevidí, že človeku môže škodiť  zima, horúčava, skazené povetrie, blesk? Náš duch je niečo neviditeľné, nie je ale len sám niečo neviditeľné, ako naše telo nie je len samo niečo viditeľné, okrem nášho ducha sú aj iní duchovia dobrí aj zlí. A títo zlí duchovia chcú našej duši  škodiť, ako v prírode mnohé veci nášmu telu škodia. Preto pravdu povedal Jób: „Život človeka na zemi je ustavičný boj.“ A len takýmto ustavičným bojom proti sebe, neustálym mŕtvením a modlitbou dosiahol sv. Makárius víťazstvo .

Tak bojuj aj ty, kresťan drahý! Od teba síce nikto nežiada, aby si opustil svet a ukryl si sa dakde v samote, ako to urobil Makárius. Zápasiť so svetom, Bohu slúžiť a byť spaseným môže každý v svojom stave. Odplata, ktorú ti za toto prisľúbil Boh, je veľká. Ale keby ti aj nič nesľúbil , predsa je hoden, aby si zapieral seba samého, pretože, ako hovorí svätý Hieronym: “česť je Bohu slúžiť!