Prípad mal svoje korene v novembri 1994, keď Interpol vydal na Kováča ml. zatykač v súvislosti s kauzou Technopol. Únos bol zároveň súčasťou diskreditačnej kampane voči prezidentovi Michalovi Kováčovi ako odpoveď na jeho vzdor voči Mečiarovi. Zo zavlečenia je podozrivé vtedajšie vedenie Slovenskej informačnej služby (SIS) na čele s jej exriaditeľom Ivanom Lexom.

Proces je vedený na Mestskom súde Bratislava I. Dlhé mesiace sa v prípade nič nedialo, pretože sa čakalo na previerku prísediacich senátu zo strany Národného bezpečnostného úradu (NBÚ). Už čoskoro by však mohol zložiť senát, ktorý bude konať. Budúci prísediaci získali bezpečnostné previerky. „Zo strany NBÚ došlo k vydaniu osvedčenia o previerke na stupeň utajenia ‚prísne tajné‘ u štyroch prísediacich v mesiaci august 2025. Pre predchádzajúce dovolenky zatiaľ neboli vykonané záznamy o určení, v zmysle zákona o utajovaných skutočnostiach. Súd zatiaľ z týchto dôvodov nemôže pristúpiť k vykreovaniu senátu v danej veci,“ sprostredkoval pre TASR vyjadrenie zákonného sudcu Mestského súdu Bratislava I Karola Poslucha hovorca Krajského súdu v Bratislave Pavol Adamčiak.

Ako priblížil zákonný sudca prípadu a predseda senátu Mestského súdu Bratislava I Karol Posluch, „na účely riadneho konania vo veci, t. j. aby bolo možné vo veci vôbec konať, je potrebné disponovať preverenými dvoma riadnymi členmi senátu, ako aj ich náhradníkmi“. Náhradní prísediaci sú potrební vzhľadom na predpokladaný dlhší čas konania pred súdom.

K únosu došlo 31. augusta 1995, keď dve autá zablokovali auto Kováča ml. neďaleko Svätého Jura. Z vozidiel vystúpila skupina mužov, ktorá ho vyzvala, aby si presadol do ich auta. Ten to odmietol, tak ho násilím zavliekli do Rakúska. Hainburskú políciu upozornil anonymný telefonát, že pred jej budovou je zaparkované auto, v ktorom je hľadaný Kováč ml. Rakúska polícia ho zatkla a 1. septembra previezla do Viedne.

Prezident Kováč adresoval vláde SR prosbu, aby požiadala o vydanie jeho syna z Rakúska. Tá zostala bez pozitívnej odozvy. Mečiar vtedy argumentoval, že Slovensko nevie predložiť relevantné dôkazy o únose. Vyšetrovací spis pridelili Jaroslavovi Šimuničovi, ktorý požiadal Lexu, aby niektorých príslušníkov SIS zbavil mlčanlivosti.

Po negatívnom stanovisku 7. septembra 1995 ministerstvo vnútra vyšetrovateľa odvolalo. Nahradil ho Peter Vačok, ktorý ešte v septembri vypočul Oskara Fegyveresa. Ten tvrdil, že ako príslušník SIS sa podieľal na únose prezidentovho syna.

Vačoka v októbri 1995 odvolali z prípadu tiež. Fegyveres sa z obavy o život ukryl na neznáme miesto. Komunikoval prostredníctvom Róberta Remiáša, ktorý zomrel 29. apríla 1996 po explózii nástražného systému pod vlastným autom. Z návodu na vraždu obvinili Lexu. Neskôr prokurátor trestné stíhanie exšéfa SIS zastavil, pretože podľa výsledkov vyšetrovania sa uvedený trestný čin vôbec nestal.

Medzičasom, 2. októbra 1995, Kováča ml. prepustili na základe kaucie milión šilingov z vydávacej väzby. O dva mesiace na to, v decembri 1995, ho prokurátor mestskej prokuratúry v Bratislave obvinil z napomáhania trestnému činu podvodu v súvislosti s prípadom Technopol. Na Slovensko sa prezidentov syn vrátil vo februári 1996. Vyšetrovanie jeho únosu sa pre nedostatok dôkazov pozastavilo.

Prezident Kováč necelé tri mesiace pred ukončením svojho mandátu udelil v decembri 1997 synovi milosť. Po tom, ako sa mu 3. marca 1998 skončilo riadne funkčné obdobie a novú hlavu štátu sa nepodarilo zvoliť, prezidentské právomoci dočasne prešli na Mečiara. Ten využil svoje ústavné právo a v ten istý deň rozhodol o zastavení vyšetrovania, respektíve nezačatí trestného stíhania činov spáchaných v súvislosti so zavlečením Kováča ml. Neskôr, 7. júla 1998, Mečiar oznámil ešte jednu amnestiu, a to na odstránenie nepresností vo výrokoch predchádzajúcej amnestie.

Záverom roka 1998, po parlamentných voľbách, nový premiér a zastupujúci prezident Mikuláš Dzurinda podpísal rozhodnutie o amnestii. Spoločne s poslancami NR SR sa pokúšali o ich zrušenie, avšak pri hlasovaní v parlamente nenašli dostatočnú podporu. O tom, že žiadnu amnestiu nemožno zrušiť alebo meniť, rozhodol Ústavný súd SR 4. februára 1999.

V apríli 1999 NR SR hlasovaním rozhodla, že vydáva poslanca HZDS Lexu na trestné stíhanie, čím bol zbavený imunity a o niekoľko dní poslanci schválili aj návrh na vzatie Lexu do vyšetrovacej väzby. Z nej ho po 95 dňoch prepustili a následne, v máji 2000, sa objavili v médiách informácie, že opustil územie SR.

Kauza Technopol sa pre Kováča ml. skončila 2. februára 2000, keď Krajinský súd Mníchov 1 pod vedením predsedajúceho sudcu Hansa Schmida zastavil šesť rokov trvajúce konanie voči jeho osobe. Súd dospel k názoru, že sa nedá očakávať Kováčovo odsúdenie. Kaucia vo výške milióna šilingov za jeho prepustenie prepadla v prospech Nemecka.

Trestné stíhanie obvineného Lexu a spol. v kauze zavlečenia Kováča ml. najskôr v júni 2001 zastavil senát Okresného súdu Bratislava III a o rok tento verdikt potvrdil aj Krajský súd v Bratislave. O mesiac na to, 14. júla 2002 Lexu zadržala polícia v Juhoafrickej republike. O obnovu kauzy sa v auguste toho roka pokúsila Generálna prokuratúra SR, ale sťažnosť zamietol v decembri Najvyšší súd SR. Jeho senát vtedy konštatoval, že prípad podlieha amnestii.

Zrušenie amnestií v roku 2017 sa týkalo aj milosti, ktorú svojmu synovi udelil prezident Kováč. Zároveň sa rozhodlo, že amnestované skutky nebudú premlčané. Súlad schváleného uznesenia s ústavou potvrdil Ústavný súd 31. mája 2017. Zrušenie amnestií následne napadol Lexov obhajca na Súdnom dvore EÚ v Luxemburgu. Ten v decembri 2021 rozhodol, že slovenské súdy môžu v kauze konať.