Vedec zaznamenal základnú chybu tohoto chromozómu. Na rozdiel od iných skupín génov nie je obsiahnutý v ľudských bunkách ako pár, ale ako jediný exemplár.
Y-chromozóm preto nie je vystavený genetickej rekombinácii (miešaniu génov), ku ktorej dochádza v každej novej generácii a ktorá spôsobuje likvidáciu mutácii poškodzujúcich gény.
Súbor génov formujúcich mužské pohlavie kvôli tomu po čase degeneruje a z genómu mizne.
Najnovšie výskumy ale ukázali, že chromozóm produkuje mechanizmy na zabrzdenie tohoto procesu. Dánski vedci napríklad zistili, že v Y-chromozóme prebieha aktivna amplifikácia, čo znamená, že vzniká niekoľko kópií génov, ktoré majú na starosti fungovanie mužských pohlavných orgánov.
Naviac se degenerácia spomaľuje neobvyklými štruktúrami „palindrómami,” čo je následok nukleotidov, ktoré se dajú čítať rovnako v oboch smeroch. V prípade poškodenia génu sa obnovuje „kopírovaním” informácií zo zachovalej polovice.
V článku sa tiež uvádza, že dokonca v prípade úplného zmiznutia Y-chromozómu sa gén SRY dokáže premiestniť na iný chromozóm.