Problémy s ponorkou typu S-80 Plus sa najprv objavili v roku 2013, keď sa zistilo, že bude príliš ťažká na plávanie, čo si vyžiadalo jej prerobenie na ľahšiu, ale tým sa rozšírila o ďalších 10 metrov a teraz je príliš dlhá na to, aby sa zmestila do ponorkovej námornej základne v Cartagene pre plavidlá s dĺžkou maximálne 78 metrov.
Španielskemu námorníctvu teda nezostáva nič iné, len vybagrovať a o pár metrov rozšíriť svoju hlavnú ponorkovú základňu. Náklady na prispôsobenie prístavu takýmto štyrom novým ponorkám sa odhadujú až na 16 miliónov eur a celkové náklady na približne až 4 miliardy eur, čo je prakticky dvojnásobok pôvodne predpokladaných nákladov.
Stavba ponorky bola po prvýkrát plánovaná v roku 1999, čiže ešte 15 rokov predtým, než sa objavili problémy s jej hmotnosťou. Španielsky úradník pre agentúru AP povedal, že niekto dal desatinnú čiarku na nesprávne miesto a “nikto nevenoval pozornosť na preskúmanie výpočtov”. Táto chyba teda stála milióny eur, no inžinieri a konzultanti zistili, že vztlak sa dá zlepšiť predlžovaním lode. No ako sa nakoniec ukázalo, ani táto alternatíva nebola tá najlepšia.
Ale najväčšou neistotou však údajne naďalej zostáva nejadrový nezávislý vzduchový pohonný systém (AIP) ponorky, ktorý by ju mohol udržať pod vodou dva týždne.
Španielske ministerstvo obrany sa rozhodlo pre systém, ktorý je schopný vyrábať vodík z bioetanolu, a poveriť jeho vývoj dvoma španielskymi spoločnosťami, Técnicas Reunidas a Abengoa. Vojenské zdroje uistili španielsky denník El Pais, že po určitom zlyhaní sa dosiahli úspechy. Aby sa zabránilo ďalším oneskoreniam, takýto pohon by však mala mať až ponorka S-83 v roku 2026 a dovtedajšie typy budú mať ešte naftový pohon.