Podľa ÚPN sa u nás po roku 1989 na rozdiel napríklad od Nemeckej demokratickej republiky (NDR) neuskutočnila zásadná dekomunizácia spoločnosti. V bývalej NDR totiž po páde režimu a zjednotení Nemecka stáli pred súdom aj generálny tajomník vládnej Zjednotenej socialistickej strany Nemecka Erich Honecker, jeho nástupca Egon Krenz alebo šéf Ministerstva štátnej bezpečnosti (Stasi) Erich Mielke.
ÚPN v súvislosti s nedostatkami pripomína, že od roku 1993 absentuje lustračný zákon alebo riešenie problematiky naďalej poskytovaných dôchodkov pre predstaviteľov režimu. „Nielen príslušníkov ŠtB, ale aj vysokých funkcionárov Komunistickej strany Slovenska, či už celorepublikového alebo krajského významu,” zdôrazňuje ÚPN. Dodáva, že aj zriadenie tejto samotnej inštitúcie prišlo neskoro, keďže ideálna doba na začatie jeho činnosti bola v období rokov 1990 až 1994.
ÚPN oficiálne začal svoju činnosť v máji 2003 a zameriava sa na výskum obdobia takzvaného Slovenského štátu ako aj na obdobie vlády komunistického režimu v Československu. Podľa zákona o ÚPN je jeho úlohou „sprístupniť utajenú činnosť represívnych orgánov v dobe neslobody 1939 – 1989 a určiť zodpovednosť za porobenie vlasti, vraždenie, zotročovanie, lúpenie a ponižovanie, morálny a hospodársky úpadok sprevádzaný justičnými zločinmi a terorom proti nositeľom odlišných názorov, deštrukciu tradičných princípov vlastníckeho práva a zneužívanie výchovy, vzdelávania vedy a kultúry na politické a ideologické účely”.