Hlava štátu má viacero kompetencií s dosahom na všetky zložky moci. U zákonodarcov sa prezidentské právomoci prejavujú hneď po parlamentných voľbách, maximálne do 30 dní. V tejto lehote musí hlava štátu zvolať ustanovujúcu schôdzu Národnej rady Slovenskej republiky – ak by tak prezident neurobil, nový zbor poslancov zasadne tridsiaty deň po voľbách.

Prezident svojím podpisom potvrdzuje zavedenie novej legislatívy, ktorú pred tým schválil dostatočný počet poslancov parlamentu. Ak má k danej novele alebo zákonu výhrady, môže ho nepodpísaním vetovať a právna norma sa vráti do parlamentu. Ak prezident v lehote do 15 dní od doručenia vráti zákon s pripomienkami, parlament zákon opätovne prerokuje a v prípade jeho schválenia musí byť taký zákon vyhlásený. Hlava štátu podáva Národnej rade SR správy o stave republiky a o závažných politických otázkach.

Prezident môže Národnú radu SR aj rozpustiť – ak v lehote šiestich mesiacov od vymenovania vlády neschválila jej programové vyhlásenie, ak sa neuzniesla do troch mesiacov o vládnom návrhu zákona, s ktorým vláda spojila vyslovenie dôvery. Ďalším možným dôvodom na rozpustenie parlamentu prezidentom by bola skutočnosť, že nebol dlhšie ako tri mesiace spôsobilý uznášať sa, hoci zasadanie nebolo prerušené a hoci bola v tom čase opakovane zvolávaná jeho schôdza, alebo ak zasadanie Národnej rady SR bolo prerušené na dlhší čas, ako dovoľuje ústava. Prezident toto právo nemôže uplatniť počas posledných šiestich mesiacov svojho volebného obdobia, počas vojny, vojnového stavu alebo výnimočného stavu. Prezident rozpustí parlament aj v prípade, ak v ľudovom hlasovaní o odvolaní prezidenta nebol prezident odvolaný.

Vláda rovnako začína svoje vládnutie v Prezidentskom paláci. Prezident vymenúva a odvoláva predsedu a ostatných členov vlády, poveruje ich riadením ministerstiev a prijíma ich demisiu. Odvolanie šéfa alebo člena kabinetu má v rukách prezident vtedy, ak podá demisiu, alebo mu parlament vysloví nedôveru. Prezident určí, ktorý z členov vlády bude dočasne spravovať veci člena vlády, ktorého demisiu prijal, alebo ho odvolal. Ak demisiu podá predseda vlády, demisiu podá celá vláda – toto pravidlo platí aj pre prípad odvolania. Okrem toho má hlava štátu právo vyžadovať si od vlády a od jej členov informácie potrebné na plnenie svojich úloh.

Prezident má personálnu právomoc aj v prípade ďalších úradníkov a niektorých vysokých funkcionárov aj v súdnej moci. Vymenúva a odvoláva vedúcich ústredných orgánov, vyšších štátnych funkcionárov a ďalších funkcionárov v prípadoch, ktoré ustanoví zákon. Okrem toho vymenúva a odvoláva rektorov vysokých škôl, vysokoškolských profesorov a napokon vymenúva a povyšuje generálov.

V oblasti súdnictva vymenúva a odvoláva predsedu, podpredsedu a sudcov Ústavného súdu Slovenskej republiky. Okrem toho prijíma ich sľub, ako aj sľub generálneho prokurátora. Rovnako vymenúva a odvoláva sudcov, predsedu a podpredsedu Najvyššieho súdu Slovenskej republiky, generálneho prokurátora a troch členov Súdnej rady Slovenskej republiky (prijíma aj sľub sudcov). Pre odsúdených, ktorí už nemajú právo na žiadne opravné prostriedky voči verdiktu nad nimi, je prezident poslednou možnou inštanciou. Má totiž právo odpustiť a zmierniť trest uložený súdom v trestnom konaní a zahládza odsúdenie formou individuálnej milosti alebo amnestie.

Prezident sa podieľa na zahraničnej politike štátu. Slovensko zastupuje navonok, dojednáva a ratifikuje medzinárodné zmluvy (to môže preniesť na vládu alebo so súhlasom vlády na jej jednotlivých členov). Hlava štátu môže podať na ústavný súd návrh na rozhodnutie o súlade dojednanej medzinárodnej zmluvy, na ktorú je potrebný súhlas parlamentu, s ústavou alebo s ústavným zákonom. Okrem toho prijíma, poveruje a odvoláva vedúcich diplomatických misií.

Hlava štátu má kompetencie aj v oblasti obrany štátu – prezident je totiž hlavným veliteľom ozbrojených síl. Ak by o tom rozhodol parlament, tak by vypovedával vojnu – stalo by sa tak v prípade, ak by bolo Slovensko napadnuté alebo ak by to vyplynulo zo záväzkov z medzinárodných zmlúv o spoločnej obrane proti napadnutiu. Prezident napokon podľa ústavy aj uzatvára mier. Na návrh vlády môže nariadiť mobilizáciu ozbrojených síl, vyhlásiť vojnový stav alebo vyhlásiť výnimočný stav a ich skončenie.

Významnou kompetenciu je aj právomoc vyhlásiť referendum. Prezident udeľuje vyznamenania, ak na to nesplnomocní iný orgán.

Právomoci prezidenta sa za pôsobenia Andreja Kisku upravili. Stalo sa tak vďaka novele zákona o regulácii v sieťových odvetviach. Prezident prišiel o právomoc vymenúvať a odvolávať predsedu Úradu pre reguláciu sieťových odvetví (ÚRSO), táto kompetencia prešla na vládu. Hlava štátu však menuje predsedu Regulačnej rady, ktorého volia spomedzi seba členovia rady.