Pápežská teologická akadémia má vyše 300-ročnú históriu. Kánonicky ju zriadil pápež Klement XI. dňa 23. apríla 1718 s cieľom teologicky formovať duchovenstvo v období úpadku iných inštitúcií. Neskôr Pápežská teologická akadémia združila učencov, ktorí sa zaoberali bádaním a prehlbovaním teologických tém osobitného významu. Jej štatúty obnovil naposledy v roku 1999 pápež sv. Ján Pavol II.