Ján Pálffy absolvoval Filozofickú fakultu Univerzity Komenského v Bratislave, odbor história – archívnictvo – pomocné vedy historické a Fakultu architektúry Slovenskej technickej univerzity v Bratislave, odbor architektúra. Pôsobil v akademickej sfére, verejnom sektore i štátnej správe. Od roku 2009 bol hovorcom Ústavu pamäti národa a od roku 2012 aj riaditeľom sekretariátu predsedu Správnej rady ÚPN. Od roku 2013 pôsobil na sekcii vedeckého výskumu. V roku 2016 bol Národnou radou Slovenskej republiky zvolený za člena Správnej rady ÚPN, od januára 2018 vykonával funkciu podpredsedu Správnej rady ÚPN.