Hlavnými prekážkami sú Babišove právne problémy súvisiace s jeho poľnohospodárskym impériom Agrofert a jeho nejasný postoj k Organizácii Severoatlantickej zmluvy (NATO). Babiš čaká na verdikt pražského okresného súdu v kauze údajného podvodu s dotáciami EÚ vo výške dvoch miliónov eur, ktoré mal získať neoprávnene na projekt rekreačného areálu Farma Čapí hnízdo v Olbramoviciach na Benešovsku. Verdikt však bude známy až po voľbách.

Prezident Pavel uviedol, že konzultuje s právnikmi možnosť zablokovať Babiša pre konflikt záujmov, keďže Babiš naďalej vlastní Agrofert, hoci ho formálne previedol do trustových fondov. Pavel zdôraznil, že rozhodnutie bude závisieť od výsledku volieb a od toho, či bude Babiš ochotný vyriešiť svoj konflikt záujmov v súlade so zákonom.

Podpora zákazu Babiša prichádza aj zo strany niektorých politikov, ktorí tvrdia, že by to vyslalo jasný signál o vážnosti riešenia konfliktov záujmov v Česku. Predchádzajúci prezident Miloš Zeman často odmietal vymenovať ministrov navrhnutých vládou, čo vyvolávalo kritiku.

Ústavný expert Jan Kysela potvrdil, že prezidentovo odmietnutie vymenovať premiéra pre konflikt záujmov by bolo v súlade s ústavou.

Okrem právnych otázok je problémom aj Babišov postoj k NATO. Prezident Pavel uviedol, že nebude vymenovávať ministrov, ktorí by podporovali vystúpenie Česka z NATO alebo Európskej únie. Babiš je skeptický k NATO, no popiera, že by chcel Česko z aliancie alebo únie vyviesť.

Ak Babiš nebude premiérom, funkciu by pravdepodobne mohli prevziať prominentní politici z jeho strany ANO – Karel Havlíček alebo Alena Schillerová. Prezident Pavel plánuje pri vymenovaní vlády dbať na to, aby jej členovia dodržiavali záväzky Česka voči NATO a EÚ a neohrozovali národnú bezpečnosť.