Len 13 najväčších nemocníc, ktoré poskytujú takmer polovicu ústavnej zdravotnej starostlivosti, vytvára až 86 % dlhu verejných nemocníc. Tieto zariadenia hospodária s rozpočtami, ktoré nezodpovedajú ich reálnym nákladom ani kapacitám systému verejného zdravotného poistenia. Hoci štát v roku 2024 poskytol nemocniciam dodatočné dofinancovanie vo výške 261 miliónov eur, výdavky aj tak rástli rýchlejšie než príjmy, čo viedlo k ďalšiemu zadlžovaniu.

Revízia identifikovala najväčší priestor na úspory v oblasti osobných nákladov a nákupov liekov, materiálu a techniky. Ak by sa nemocnice dorovnali na úroveň efektívnosti lepšie hospodáriacich zariadení, mohli by ušetriť až 168 miliónov eur ročne. Osobné náklady narástli za posledných osem rokov o 130 %, pričom rozpočet počítal len s 89 %. Kým počet lekárov a administratívnych pracovníkov stúpa, počet zdravotných sestier klesá, čo znižuje výkonnosť nemocníc.

Väčšina nemocníc je financovaná prostredníctvom paušálnych platieb za očakávanú produkciu, nie za reálne výkony. Tento model nemotivuje nemocnice k vyššej efektívnosti. Od apríla 2025 sa má začať zavádzať systém DRG (Diagnosis Related Groups), ktorý zabezpečí platby na základe skutočne vykonanej starostlivosti. V úvodnej fáze pokryje 15 % výkonov, napríklad pôrody či výmeny kĺbov, a do roku 2027 by mal DRG tvoriť až 40 % úhrad.

Revízia zároveň poukazuje na neprehľadné zmluvy medzi nemocnicami a zdravotnými poisťovňami. Rovnaké výkony sú preplácané v rôznych výškach – dokonca aj v rámci jednej poisťovne. VšZP by v roku 2023 mohla ušetriť 27,6 milióna eur, ak by sa úhrady nastavili spravodlivo a transparentne. Priemerný vek nemocničných budov presahuje 50 rokov, pričom mnohé sú v zlom technickom stave a nespĺňajú dnešné štandardy. Investičný dlh sa odhaduje na 4,5 až 7,1 miliardy eur. Niektoré nemocnice zároveň prenajímajú priestory súkromníkom pod trhovou cenou, hoci ide o vysoko ziskové prevádzky (napr. CT, MR, laboratóriá). Chýbajú aj jasné pravidlá pre výber riaditeľov, ktorí sa v priemere menia každé dva roky, čo oslabuje strategické riadenie.