Andruskóvi, ktorý od svojho zadržania v septembri 2018 spolupracoval s vyšetrovateľmi, uložil Špecializovaný trestný súd (ŠTS) v Pezinku v decembri 2019 v rámci schvaľovania dohody o vine a treste trest 15 rokov väzenia. Marček, ktorý sa k zastreleniu Kuciaka a Kušnírovej priznal až neskôr, bol pôvodne súdený so zvyškom obžalovaných v procese, ktorý sa začal v januári 2020. Po tom, čo sa aj pred súdom priznal a ten ho opakovane vypočul, bol vyčlenený na samostatné konanie. V apríli 2020 mu nakoniec ŠTS vymeral trest 23 rokov väzenia. Voči tomuto verdiktu sa odvolal prokurátor, ktorý v jeho prípade požadoval trest 25 rokov. Najvyšší súd (NS) SR odvolaniu prokurátora začiatkom decembra 2020 vyhovel. Szabó, ktorý svoju vinu celý čas popieral, bol za vinného uznaný v septembri 2020, pričom mu ŠTS uložil trest 25 rokov väzenia. Najvyšší súd toto rozhodnutie potvrdil v júni 2021.

V prípade podnikateľa Mariana Kočnera a Aleny Zsuzsovej bol ŠTS nútený obžalobu voči nim prejednať po druhýkrát. Najvyšší súd totiž v júni 2021 zrušil rozhodnutie ŠTS z 3. septembra 2020, ktorým dvojicu oslobodil. Podľa verdiktu prvostupňového súdu neexistoval na uznanie viny Mariana K. a Aleny Zs. dostatok dôkazov. Obžaloba v prípade Mariana K. postavila podľa rozsudku vinu na nepriamych dôkazoch. Na ich základe však súd podľa odôvodnenia rozsudku nemohol konštatovať vinu bez pochybností, ktoré by úplne vylučovali iný scenár. NS SR však vo verdikte z júna 2021 skonštatoval, že ŠTS rozhodnutím o oslobodení konal predčasne. Niektoré dôkazy navrhované prokuratúrou totiž nevykonal a o iných ani nerozhodol. Prvostupňový súd nakoniec v máji 2023 Kočnera opakovane oslobodil, ale Zsuzsovú uznal za vinnú.

Investigatívneho novinára Jána Kuciaka a jeho snúbenicu Martinu Kušnírovú zastrelili 21. februára 2018 v ich dome v obci Veľká Mača v okrese Galanta. Verejnosť sa o skutku dozvedela 26. februára. Už v deň medializácie násilnej smrti investigatívneho novinára potvrdil vtedajší šéf polície Tibor Gašpar, že skutok pravdepodobne súvisí s Kuciakovou prácou. Vtedajší predseda vlády Robert Fico (Smer-SD) zároveň vyhlásil odmenu jeden milión eur za informácie, ktoré povedú k dolapeniu páchateľov. Prvotne sa v súvislosti s vraždou novinára hovorilo o Talianoch pôsobiacich v agrobiznise na východnom Slovensku. V tejto súvislosti polícia zadržala pôvodne sedem osôb, neskôr ich však prepustili. Antonina Vadalu, ktorého zavraždený novinár spomínal vo svojich textoch, v máji 2018 vydali do Talianska, kde bol odsúdený za drogovú trestnú činnosť.

V druhej polovici marca 2018 usporiadal Úrad špeciálnej prokuratúry tlačovú besedu, na ktorej dozorový prokurátor skonštatoval, že vzhľadom na zistené skutočnosti bola vražda vykonaná na objednávku. Z vyšetrovacích úkonov podľa neho vyplývalo, že Ján Kuciak a Martina Kušnírová boli zavraždení 21. februára 2018 z krátkej guľovej zbrane kalibru 9 milimetrov.

Na vraždu novinára a jeho snúbenice reagovala spoločnosť na Slovensku mohutnými demonštráciami, ktoré vyústili do odstúpenia Roberta Kaliňáka z funkcie ministra vnútra a potom k vládnej kríze, ktorej vyvrcholením bolo, že Robert Fico 15. marca 2018 podal demisiu svojej vlády a nahradil ho spolustraník Peter Pellegrini. V jeho novej vláde však došlo len k minimálnym personálnym zmenám. V apríli 2018 nový predseda vlády Peter Pellegrini (vtedy Smer-SD), ktorý bol v tom čase aj zastupujúcim ministrom vnútra, oznámil, že vo funkcii k prvému máju končí aj prezident Policajného zboru Tibor Gašpar. Ten bol kritizovaný napríklad za to, že dva dni po medializácii smrti Kuciaka hovoril na tlačovej konferencii o osobách podozrivých z drogovej trestnej činnosti, ktoré sa pohybovali v obci Veľká Mača v okrese Galanta, kde sa skutok stal. Taktiež menil svoje stanoviská k prítomnosti vtedajšieho šéfa protikorupčnej jednotky Róberta Krajmera na mieste činu. Odstúpenie Gašpara preto požadovala opozícia a takisto iniciatíva Za slušné Slovensko. Gašpara nahradil vo funkcii Milan Lučanský. Ten po nástupe do funkcie vyjadri zámer „kvantitatívne a kvalitatívne posilniť“ tím, ktorý vyšetroval dvojnásobnú vraždu.

Výrazný posun vo vyšetrovaní nastal 27. septembra 2018, keď polícia zadržala pôvodne osem osôb. Z tejto skupiny následne zo skutku obvinili tri, konkrétne Tomáša Szabóa a Miroslava Marčeka ako vykonávateľov a Zoltána Andruskóa ako sprostredkovateľa. Deň nato zadržali aj Alenu Zsuzsovú, ktorá bola následne obvinená ako objednávateľka dvojnásobnej vraždy. Na tlačovej besede 1. októbra 2018 orgány činné v trestnom konaní informovali, že na zavraždenú dvojicu strieľal Tomáš Szabó, ktorý v minulosti pracoval ako policajt. Bývalý vojak Marček bol podľa pôvodnej verzie pri vražde v úlohe vodiča.

Po zadržaní Aleny Zsuzsovej začali médiá prinášať informácie o jej blízkom vzťahu s podnikateľom Marianom Kočnerom. Ten už bol v tom čase vo väzbe pre kauzu miliónových zmeniek, ktorých vyplatenie požadoval od Pavla Ruska a TV Markíza. Kočner bol tiež známy z článkov zavraždeného Kuciaka, pričom sa novinárovi pred smrťou vyhrážal, že bude o ňom zbierať informácie. Médiá v októbri 2018 informovali, že práve Marian Kočner je podľa jedného z obvinených Zoltána Andruskóa objednávateľom vraždy. Oficiálne bol však podnikateľ obvinený až v marci 2019.

Neskôr sa na verejnosť dostali informácie, že prípad dvojnásobnej vraždy súvisí aj s plánmi na prípravy ďalších vrážd. Ako obeť pripravovaných skutkov bol najskôr v októbri 2018 identifikovaný vtedajší prvý námestník generálneho prokurátora Peter Šufliarsky. Neskôr k potenciálnym obetiam pribudli súčasný generálny prokurátor Maroš Žilinka a bývalý špeciálny prokurátor a dvojnásobný minister a advokát Daniel Lipšic. Alenu Zsuzsovú v januári 2019 tiež obvinili z účasti na vražde exprimátora Hurbanova Lászlóa Basternáka z roku 2010. Spolu s ňou v tomto prípade stíhali aj Romana Ostružlíka a Vladimíra Mosnára. Všetkým trom nakoniec ŠTS v decembri 2020 uložil tresty rovnako po 21 rokov väzenia. NS SR verdikt potvrdil v októbri 2021.

Obžalobu v kauze vraždy Kuciaka nakoniec prokuratúra podala na Špecializovaný trestný súd v októbri 2019. Ešte predtým však Miroslav Marček priznal, že to on a nie Tomáš Szabó strieľal na novinára a jeho partnerku. Polícia po podaní obžaloby informovala, že v rámci vyšetrovania vraždy vykonali 15 výsluchov obvinených, 18 výsluchov poškodených, 280 výsluchov svedkov a 55 domových prehliadok. Spis k prípadu mal viac ako 25 000 strán. Vtedajší policajný prezident Milan Lučanský po podaní obžaloby rozpustil vyšetrovací tým, ktorý sa vraždou novinára zaoberal, čo kritizovali napríklad právni zástupcovia pozostalých alebo vtedajší opoziční politici.

Pôvodný proces na Špecializovanom trestnom súde trval od januára do septembra 2020. Súd pôvodne avizoval vynesenie rozsudku už začiatkom augusta, nakoniec ho však odložil o mesiac. Dôvodom bola potreba pokračovania porady senátu. Do médií vtedy prenikla informácia o tom, že trojčlenný senát sa na rozsudku nevedel dohodnúť. Predseda ŠTS Ján Hrubala neskôr uviedol, že za oslobodenie Mariana Kočnera hlasovali všetci traja sudcovia senátu ŠTS. V prípade oslobodenia obžalovanej Aleny Zsuzsovej bolo podľa neho hlasovanie sudcov v pomere 2:1.

Obžaloba proti Marianovi Kočnerovi a Alene Zsuzsovej sa na ŠTS po vrátení veci Najvyšším súdom SR začala po viacerých námietkach zaujatosti opätovne prejednávať v apríli 2022. Keďže v senáte sa vymenil jeden z členov, dokazovanie muselo byť vykonané odznovu, pričom prokuratúra predložila aj niekoľko nových dôkazov, napríklad posudok analyzujúci komunikáciu Kočnera a Zsuzsovej. Prípad bol zároveň prejednávaný spolu s prípadom prípravy vrážd Lipšica, Žilinku a Šufliarskeho. Obžalobe v tejto kauze popri dvojici čelil aj Tomáš Szabó, už odsúdený za podiel na vražde Kuciaka. Ten sa vo veci prípravy vrážd priznal a nakoniec oľutoval aj podiel na vražde novinára. Súd jeho priznanie viny prijal a uložený trest 25 rokov väzenia mu už nenavýšil.

Rozsudok v spojenom procese týkajúcom sa vraždy Kuciaka a prípravy vrážd prokurátorov nakoniec padol v máji 2023. Alenu Zsuzsovú tentokrát súd uznal za vinnú a uložil jej súhrnný trest 25 rokov väzenia v ústave s maximálnym stupňom stráženia. Taktiež má vyplatiť rodičom zavraždeného Kuciaka nemajetkovú ujmu vo výške 160-tisíc eur. Naopak, Kočnera vo veci smrti novinára aj vo veci prípravy vrážd súd oslobodil. Podľa rozsudku nebolo totiž preukázané, že spáchal žalované skutky a v prípade objednávky vraždy Lipšica ani to, že sa skutok stal. Senát potvrdil len jeho vinu pre nelegálne prechovávanie nábojov.

Podľa predsedníčky senátu Ruženy Sabovej bol oslobodzujúci rozsudok o Marianovi Kočnerovi prijatý v pomere 2:1 a ostatné rozhodnutia v pomere 3:0. „Výrok o vine môže byť založený len na takých dôkazoch, ktoré vylučujú pochybnosť, že skutok spáchal obžalovaný,“ povedala, pričom pripomenula zásadu pochybností v prospech obžalovaného. V prípade Aleny Zsuzsovej bola vina podľa Sabovej jednoznačne preukázaná priamymi aj nepriamymi dôkazmi vrátane výpovedí svedkov. Motiváciou Aleny Zsuzsovej mala byť podľa súdu finančná závislosť od Mariana Kočnera a strach, že by mohla prísť o finančný príjem, keby sa dostal do problémov. Tie mu mohla spôsobiť aj investigatívna práca Kuciaka. Prokurátori Úradu špeciálne prokuratúry podali proti opätovnému oslobodzujúcemu rozsudku týkajúcom sa Kočnera odvolanie. O tom bude znovu rozhodovať Najvyšší súd SR. Ten momentálne stále študuje spisový materiál a odvolania procesných strán.