Peter Sudovský z iniciatívy Slovensko bez GMO tvrdí: „Je pozoruhodné a nebezpečné, že celý legislatívny proces sa dostal až do tohto štádia a nebol dávno ukončený. Mnohí občania, vedci, odborníci aj poľnohospodári vyjadrujú obavy, že v ňom nie je zohľadnená veda, verejný záujem a ani princíp predbežnej opatrnosti. Ich hlas bol systematicky ignorovaný. Deregulácia vyhovuje najmä biotechnologickému priemyslu a jeho lokajom, ktorí pomocou pseudoargumentov rizikové nové GMO pretláčajú.“

Navrhovaná deregulácia môže priniesť viaceré riziká, medzi ktoré patria:

• možné zdravotné riziká spojené s neželanými mutáciami DNA,
• kontaminácia prírody,
• strata slobody spotrebiteľského výberu – bez označovania sa ľudia nebudú môcť vyhnúť GMO v potravinách,
• ohrozenie sektora bez GMO a právne následky vyplývajúce z patentov a licencií
• koncentrácia moci a trhu v rukách niekoľkých veľkých firiem,
• obmedzenie práv členských štátov rozhodovať o zákaze pestovania týchto plodín,
• oslabenie dôvery verejnosti v európske inštitúcie.

Vzhľadom na vývoj celého legislatívneho procesu je na mieste obávať sa, že deregulácia bude definitívne schválená a ani Rada ministrov EÚ to nezastaví. Potom môže byť už neskoro, takéto rozhodnutie bude mať dlhodobé a ťažko vratné dôsledky.