Odborníci na genetiku vírusov zo Školy veterinárneho lekárstva Kalifornskej univerzity v Davise podnikli sekvenovanie genómu dvoch tisíc vzoriek vírusu SARS-CoV-2, ktorý vyvoláva Covid-19.

Vedci zistili, že nehľadiac na to, že SARS-CoV-2 má iba 15 génov, stále mutuje. Väčšina týchto zmien len málo čo zmení na správaní patogénu, avšak niektoré mutácie vedú k tomu, že sa vírus stáva nákazlivejším. “Preto budú spolu so vznikom nových variantov vznikať tiež nové vlny,” uvádza správa pre tlač univerzity výrok vedúceho výskumu, profesora Barta Weimera.

Autori najskôr preskúmali genómy 150 kmeňov SARS-CoV-2 získaných z Ázie v období do 1. marca 2020. Zanalyzovali aj informácie o epidemiológii a prenose vírusu počas vzplanutia infekcie a určili hlavné parametre týchto epizód v rôznych obdobiach: vzletu, exponenciálneho rastu a pádu nákazy. Jednoduchosť prenosu vírusu vedci zhodnotili pomocou reprodukčného čísla R, priemerného množstva nových prípadov nákazy spôsobených každým infikovaným človekom.

Potom vedci spojili všetky informácie do metriky genetickej meniteľnosti patogénu, ktorú nazvali GENI. Porovnanie ukazovateľov GENI s fázou epidémie ukázalo, že zvýšenie genetickej meniteľnosti, napríklad v Južnej Kórei, bezprostredne predchádzalo exponenciálnemu nárastu prípadov ochorenia. V Singapure bolo vzplanutie variácií spojené s menšími ohniskami, ktoré štátne zdravotníctvo dokázalo rýchlo vziať pod kontrolu.

Vo Veľkej Británii od februára do apríla 2020 stále rástli genetické variácie spolu so zvýšením počtu prípadov ochorenia. Keď koncom marca zaviedla britská vláda národnú izoláciu, počet nových prípadov sa stabilizoval, čo ale nezastavilo genetickú meniteľnosť, parametre GENI stále rástli.

Avšak podľa mienky autorov boli opatrenia britskej vlády na obmedzenie zhromažďovania a obmedzenia kontaktov v situácii rýchlej evolúcie vírusu veľmi účinné, pretože pomohla zastaviť masové šírenie infekcie. Analýza ukázala, že po zavedení reštrikcií bol exponenciálny rast vystriedaný jednotlivými prípadmi super šírenia, kedy bol veľký počet ľudí nakazený v dôsledku jedného incidentu, pri ktorom boli oslabené bezpečnostné opatrenia.

Vedci dúfajú, že ich prístup, ktorý spája metódy klasickej epidemiológie s genomikami a ktorý sa zakladá na meraní variability vírusu s nadviazaním na rýchlosť jeho lokálneho šírenia, umožní inštitúciám verejného zdravotníctva vytvoriť nástroj prognózy vzniku budúcich pandémií, či už koronavírusu, alebo nejakého nového patogénu.