Egyptské orgány ho zatkli v auguste 2013, niekoľko dní po rozohnaní stúpencov zosadeného islamistického prezidenta Muhammada Mursího, ktorí si v Káhire zriadili protestné tábory. Zásah bezpečnostných zložiek si vtedy vyžiadal viac ako 600 mŕtvych.
Muhammad Zawahrí bol v minulosti vodcom skupiny egyptských salafistických džihádistov a blízkym spojencom Mursího, ktorého vynieslo k moci hnutie Moslimské bratstvo. V rámci rovnakého procesu udelil súd tresty smrti 10 zo 67 spoluobžalovaných Zawahrího. Ďalších 32 vyviazlo s doživotím.